建设美丽淮河，水生态良好是题中应有之义。进入新时期，淮河流域水生态环境保护工作重心将由水污染防治为主，向水资源、水环境、水生态等流域要素系统治理、统筹推进转变，提升水生态系统的质量和稳定性越发显得重要和紧迫。
当前，淮河流域水生态系统恶化趋势虽已得到有效遏制，但部分地区水源涵养功能受损，河湖岸线及河道内滩地生态空间被挤占，南四湖周边部分污水处理厂配套人工湿地生态系统功能退化，洪泽湖、高邮湖、骆马湖等湖库富营养化呈加重趋势，流域水生态保护恢复工作任重道远。因此，要加大水生态系统保护和修复力度，不断把水生态环境保护工作推向深入，为生态淮河、美丽淮河建设奠定坚实基础。
一是强化河湖生态流量保障，加快河湖生态复苏。
生态流量是维系河湖生态功能、控制水资源开发强度的关键。要坚持系统观念，从全流域统筹的角度，强化水资源配置与调度管理，建立健全淮河干支流、上下游生态流量统筹协调调度机制，因地制宜实施重要河湖生态补水，提升河湖生态用水比例。健全河湖生态流量管理与保障机制，推动流域内已明确生态流量目标的17条重要河湖落实生态流量（水位）保障方案；推动建立闸坝生态基流泄放规则与水量应急调度机制，确保下游河道的鱼类产卵、作物生长等生态敏感期的生态基流需求，维持河流生态系统健康。加快推进引江济淮和南水北调东线后续工程，在满足生活用水的前提下，保障调入区河湖生态系统安全。加强河湖水系连通修复，推动建立河流与湖泊间的互济互调体系，维持河湖生态系统完整性。
二是推动重点河湖保护修复，实现“保护一河湖，提升一片区”。
水生态是统一的自然系统，河湖保护修复要坚持系统治理，更加注重源头治理，综合施策、精准施治，维护河湖健康。要着力提升水源涵养功能，严格落实重要水源涵养区生态保护红线管理，以淮河源头区与沂蒙山区沂河、沭河、泗河源头区等为重点开展水源涵养林建设，强化天然林资源保护，构建以水土保持、水源涵养、生物多样性为主要生态服务功能的生态安全屏障。加大淮河干流、南水北调东线输水干线等重点区域水生态保护修复力度，推动河湖生态缓冲带划定，实施重要河湖生态缓冲带修复与建设，重塑健康自然的河湖岸线。强化自然湿地保护与恢复，加快推进国家重要湿地保护范围划定，实施湿地保护与修复及退耕还湿、退圩还湖、退耕还林等建设，保护沿河环湖湿地、沿海滩涂，提高生态系统稳定性，恢复湿地生态屏障功能。
三是夯实流域水生态监测评价和科研基础，支撑服务流域生态保护与高质量发展。
精准科学保护修复水生态首先要摸清家底、掌握动态。要深入开展流域水生态监测评价，识别突出水生态问题症结，纳入流域水环境形势分析，针对问题严重区域开展水生态保护修复监督帮扶，强化流域区域工作合力。完善淮河流域水生态监测评价网络，借鉴长江流域水生态考核办法，建立以水生态系统健康指标为核心，水生境保护、水环境保护、水资源保障三方面指标为支撑的淮河流域水生态考核指标体系，选择流域内具有代表性的水体开展水生态考核试点，精准传导生态环境保护责任，以考核促保护，用考核促发展。加强水生态保护修复科研支撑保障力度，实施降碳、减污、扩绿、增长协同增效技术攻关，开展流域汛期面源污染防治、退化生态系统修复等关键性、前瞻性技术研究，以科技赋能美丽淮河建设。
